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Les bactéries endophytes sont des bactéries non pathogènes qui sont naturellement présentes dans les tissus internes des plantes et peuvent favoriser la croissance des plantes, être bénéfiques pour la plante hôte en produisant une gamme de produits naturels et contribuer à une biodégradation accrue des polluants environnementaux du sol. La quasi-totalité des 300 000 espèces végétales identifiées possèdent au moins une espèce d’endophyte.